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肛瘘手术的住院时间是不确定的。影响出院的主要因素1、主管医师评估创面生长情况和患者的整体状况是否达到出院的标准。2、创面局部感染是否得到控制，脓液减少，肉芽组织生长良好，肛门局部出血风险较小，疼痛耐受情况良好，排便正常。以上两点都良好的情况下就可以出院了。